江南水师的总兵是魏国公之子徐文爵，副总兵是郑芝豹——郑芝豹是郑芝龙的五弟；两广水师的总兵是武进伯朱自洪，副总兵是洪旭——洪旭是十八芝成员，郑芝龙的部将。
江南水师是以郑芝豹的船队和南直隶的明军水师为根基；两广水师则是以洪旭的船队、王鹏君的商队和两广的明军水师为根基。
王鹏君商队的船老大名叫陆宁，原是明军水师百户，投靠王鹏君后一直帮王鹏君管理海上的贸易船队，颇受王鹏君看重，是王鹏君安插在两广水师的心腹——担任游击将军一职。
朝廷给每支水师划拨了十万两银子的启动资金，并且允许这两支水师参与海上贸易、自筹军饷！
朝廷筹建江南水师和两广水师，明面上郑氏集团的实力增强了，实际上却是瓦解了郑氏集团的力量，一分为三后，在郑芝龙这一代，江南水师和两广水师或许还会听他的，但到了郑成功这一代，这两支水师显然未必会听郑成功的。
郑芝龙这样的老狐狸自然能看穿这一点，不过他并不介意，徐文爵和朱自洪什么德行郑芝龙不知道，但肯定斗不过郑芝豹和洪旭，所以这两支水师肯定会成为郑芝豹和洪旭的私军，即便他去世了，也多少有些香火情。
郑芝龙本身没有太大的野心，在他看来，如今的富贵已经足矣，所以他也不想违命、不想和朝廷翻脸——即便今后这两支水师和郑氏断了联系，他也无所谓。
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