离开凯那市的小智等人向着紫堇市一路前行，来到山路旁的宝可梦中心，但是里面却一个人也没有，最后发现一个房间一片凌乱，地板上还有残余的催眠粉；小智和大伙觉得出事了，赶快查看监视器的录像回放，出乎意料的看到“邪恶”宝可梦—狡猾天狗将乔伊小姐掳走的画面，但小胜也发现了一个可疑的地方，正常的狡猾天狗是不会催眠粉招式的。一行人为了救出乔伊小姐，赶往狡猾天狗居住的森林深处的大树，可是一路上却遇到很多草属性宝可梦们的阻挠；其中就有橡实果和走路草，也很好的解释了催眠粉的来源。之后还出现了很多的长鼻叶继续阻挡，虽然对明龖一行人造成了一些阻碍，但都被大家的宝可梦克服了；最后“大BOSS”狡猾天狗也出现了，小智让皮卡丘继续带领其他人去解救乔伊小姐，自己留下来对抗狡猾天狗。
小智的木守宫拼尽全力勉强和这个大头领五五开；好在火箭队及时出现，冗长的开场白，直接激怒了狡猾天狗，被一招空气利刃直接轰飞，今天是真正的打酱油出场。回过头来，狡猾天狗选择速战速决，木守宫为了躲避再次发出的空气利刃，跃到空出成了种子机关枪的活靶子，还好乔伊小姐及时出现，制止的没有意义的争斗。其实乔伊小姐在大树中醒来，虽然很害怕，但就注意到旁边有一只睡着在发高烧的长鼻叶；皮卡丘带着大家突破重重障碍，来到大树顶部的树洞，也很快就发现了事实的真相。小智发现误会解除，也主队承担了和狡猾天狗前往宝可梦中心取药的任务；最终在所有人的共同努力下，生病的长鼻叶逐渐退烧转危为安。
狡猾天狗过去被敬畏为森林之神的宝可梦，有着读取对手想法并抢先一步行动的能力；和已经是顶级水准的野生宝可梦对战，今天的木守宫收获满满，接受一场失败，换来更多的成长机会，除了皮卡丘，木守宫是最值得信任的，狡猾天狗在战斗时使用了种子机关枪，成为木守宫学习种子机关枪的契机，这个招式正常木守宫也是可以学会的，看几次就会也是沾了小智的“光”。
很多的族群领袖都会为了守护族群付出很多，这是首领的责任和义务，在人迹罕至的地方，自然规则更加的严苛，对抗“物竞天择”的最前线就是它们；其实人类也是有这样的族群发展而来，不过我们得到了上天的偏爱，整体都有着“高人一等”的思考学习能力。
以紫堇市为目的地而继续前进的小智一行人，在浓雾的山路中行走着，听说山中有个村子，在那里，有着被当成路标的灯塔，奇怪的在于今天这个灯塔没有亮，明龖他们也被困在了山里。原来村字里的少年和智在守护灯塔时被火箭队袭击，火箭队抢走了灯塔的“光之石”（也叫奇克尔石，受到电系精灵的电击时会发出穿透力很强的光，以此为路人指引方向）并将和智绑了起来。和智在被姐姐奈奈救下后，便同她一起跑出来寻找“光之石”。小智一行人“幸运”的遇到并击败了火箭队（还是电光一闪加十万伏特的配方），捡到了他们遗落的“光之石”，而奈奈看到“光之石”在小智等人手中便不由分说认为他们是强盗并发动的攻击。奈奈的小磁怪很快被小智的皮卡丘击败，奈奈让和智也加入战斗，和智说自己从来没有战斗过，奈奈便让他在一旁“支援”，于是和智便让他的正电拍拍和负电拍拍对着小磁怪使用帮助，小磁怪恢复了精神再次攻击小智等人。
之后，当小智有点呆的要将“光之石”还给两人时，火箭队三人组再次出现，这时和智（这个更呆）才告诉奈奈偷走“光之石”的人其实是火箭队。小智让皮卡丘用百试不爽的十万伏特打飞火箭队后，他们就跟着和智和奈奈来到灯塔，知道了“光之石”对于他们的重要性，小智在灯塔上从包里拿出干了的外套（其实就是蓝色衣服，和智过于中二了一点，和智一开始非常软弱，他是有点不敢战斗，也不相信自己可以培育好正电拍拍和负电拍拍），却因此被和智认为是当年赐予“光之石”的勇者，并被和智带往了他居住的村子。
和智跟着小智一同进行练习，希望可以学会宝可梦战斗的技巧，小智也爽快的答应了，他告诉和智，首先必须了解自己的宝可梦，并且相信它们，还有一堆热血中二的口号，他俩嗨的不行，旁边的明龖几个和奈奈尴尬的一批。这时天空开始起雾，奈奈连忙前往灯塔，和智在“撒了鸡血”的小智的提议下也一起跟了过去；不过火箭队再次袭击灯塔（这次是个闪电鸟样式的飞行器），他们抢走了“光之石”和皮卡丘(奈奈的小磁怪还被他们给嫌弃了一波)。和智认为是自己没有一起战斗的缘故才导致火箭队的阴谋得逞，他因此非常自责，而小智则告诉和智自己并不是什么勇者大人，作为宝可梦训练家要真正相信自己的宝可梦。后来，由于皮卡丘听见了小智的话语一直让“光之石”发出光芒，小智等人成功找到藏在森林深处的火箭队；和智告诉小智他决定相信自己的宝可梦，便让正电拍拍和负电拍拍使出电磁炮，也对皮卡丘进行了充能，皮卡丘在两只宝可梦的帮助下恢复了精神，使出了打雷击落了火箭队的飞行器，最后由正电拍拍和负电拍拍使用电光组合技，将火箭队第三次轰飞，这回多次出场是为了补偿上次的草草了事。
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